Terwijl het team blijft zoeken naar Hetty in Roemenië, vindt Callen antwoorden op de geheimen uit zijn verleden.

Callen en de rest van het NCIS-team weigeren om Hettys plotse ontslag te aanvaarden zonder verdere uitleg. Ze starten hun eigen onderzoek om na te gaan waarom ze is verdwenen, in de hoop haar opnieuw kunnen op te sporen.

Het OSP - Office of Special Projects - is een afdeling van het NCIS dat werkt vanuit Los Angeles. Ze voeren undercoveroperaties uit om criminelen te vatten die een bedreiging vormen voor de nationale veiligheid. Gesteund door de laatste technologieën, duiken ze regelmatig undercover en nemen ze valse identiteiten aan. Tijdens elke opdracht zetten ze hun eigen leven serieus op het spel.

Wanneer Deeks beste vriend en hoofdinformant bescherming nodig heeft na doodsbedreigingen, moet Deek undercover gaan al seen van zijn oude aliasen.

Eric gaat undercover voor de eerste keer om er zeker van te zijn dat geheime technologie veilig blijft nadat een raketmotor-expert dood wordt aangetroffen in een testkamer.

Wanneer de beveiliging van een marinebasis wordt omzeild, is het aan het team om te onderzoeken waar de dieven hun oog lieten op vallen. Om de missie een kans te geven, moet Kensi undercover gaan.

Het NCIS-team onderzoekt of het leven van een Venezolaanse politicus in gevaar is nu de marine-officier die hem overal vergezelde plots verdwenen is.

Als het team wordt uitgestuurd om de zoon van een prins van Saoedi-Arabië te redden en de leider van een terroristische beweging te arresteren, besluit Nate zijn team in Jemen bij te staan.

Deeks zijn ochtend wordt bruut verstoord, als hij tijdens een overval in een supermarkt wordt neergeschoten. Het team zoekt uit of de overval het echte motief is, of dat iemand Deeks opzettelijk wou verwonden.

Sam en Callen gaan undercover als twee agenten in een patrouille op de autosnelweg, omdat het team een verdachte deal tussen corrupte agenten en militair personeel op het spoor is.