Eric gaat undercover voor de eerste keer om er zeker van te zijn dat geheime technologie veilig blijft nadat een raketmotor-expert dood wordt aangetroffen in een testkamer.

Wanneer de beveiliging van een marinebasis wordt omzeild, is het aan het team om te onderzoeken waar de dieven hun oog lieten op vallen. Om de missie een kans te geven, moet Kensi undercover gaan.

Het NCIS-team onderzoekt of het leven van een Venezolaanse politicus in gevaar is nu de marine-officier die hem overal vergezelde plots verdwenen is.

Als het team wordt uitgestuurd om de zoon van een prins van Saoedi-Arabië te redden en de leider van een terroristische beweging te arresteren, besluit Nate zijn team in Jemen bij te staan.

Deeks zijn ochtend wordt bruut verstoord, als hij tijdens een overval in een supermarkt wordt neergeschoten. Het team zoekt uit of de overval het echte motief is, of dat iemand Deeks opzettelijk wou verwonden.

Sam en Callen gaan undercover als twee agenten in een patrouille op de autosnelweg, omdat het team een verdachte deal tussen corrupte agenten en militair personeel op het spoor is.

Callen heeft af te rekenen met een inbreker bij zijn thuis, terwijl het team een lading valse computerchips probeert te onderscheppen.

Sam gaat undercover in een gevangenis om meer te weten te komen over een terroristische organisatie die verantwoordelijk is voor meerdere bomexplosies over de hele wereld.

Het NCIS-team spoort Matt Driscoll op, een marine officier die verantwoordelijk is voor het stelen van een geheim document van het Pentagon. Ze moeten zich haasten voor de verkeerde de code kraakt en het document voor de verkeerde doeleinden zal gebruiken.

Het NCIS-team is verbaasd als het lichaam van een moslim uit het mortuarium verdwijnt. Als het team een link probeert te vinden tussen een geheim residu in het lichaam en de moordenaars, ontdekken ze een plot om nucleair materiaal te verkopen aan terroristen.