Mahone heeft Michael Scofield in Panama voor een vreselijk dilemma geplaatst : zijn broer in ruil voor zijn waterdicht vluchtplan, zeilboot en Westmoreland-miljoenen inclusief. Michael weigert zich echter voor een voldongen feit te laten plaatsen en probeert een achterpoortje te zoeken op zijn eigen, geniale manier. Hij wil zich namelijk absoluut niet gewonnen geven, niet na alles wat hij al heeft moeten doorstaan... Op verzoek van Mahone zet Bill Kim eveneens koers naar Panama om persoonlijk getuige te zijn van de laatste ademstoot van de broers.

T-Bag verblijft in hotel Fin Del Camino in Panama City. Michael Scofield krijgt die tip binnen van Sucre via zijn geheime website en laat zijn broer Lincoln – tegen diens advies in - achter op hun zeilboot om de moordzuchtige psychopaat te klissen en op die manier te vermijden dat hij op zijn weg nog meer mensen vermoordt. Wat Michael niet weet, is dat niet Sucre maar Mahone die tip heeft gestuurd. Nog voor Mahone de stad echter bereikt, loopt Michael Sucre en Bellick tegen het lijf.

Sucre moet noodgedwongen de handen in elkaar slaan met Bellick om op zoek te gaan naar T-Bag en de miljoenenbuit van Westmoreland,waarmee hij in een rugzak rondtrekt in Mexico. Doet Sucre dat niet, dan zal hij nooit achterhalen waar Bellick zijn zwangere vriendin Maricruz gegijzeld houdt. Nu president Reynolds in het openbaar haar ambt als staatshoofd heeft neergelegd, is al het bewijsmateriaal dat Michael Scofield en Lincoln Burrows met zoveel moeite vergaard hebben, volstrekt nutteloos.

C-Note pleegt zelfmoord in zijn cel om zijn gezin te redden. Hij wordt echter op het nippertje gered door twee cipiers. Hij zoekt vervolgens meteen contact met Mahone, maar krijgt een collega van hem aan de lijn die bijzonder geïnteresseerd is in de ‘speciale’ deal die Mahone met C-Note gemakt heeft. Brad Bellick zet koers naar Mexico om Sucre te arresteren in opdracht van Mahone. Maar ook T-Bag vertoeft in Mexico waar hij zijn miljoenenbuit kwijtspeelt. Michael Scofield begeeft zich op bijzonder glad ijs om president Caroline Reynolds onder druk te zetten.

Michael, Lincoln en Sara beluisteren de geheime tape die Pope hen heeft helpen bemachtigen. De conversatie die ze te horen krijgen, is schokkend maar levert hen het nodige bewijs om Lincolns naam te zuiveren in de moord op Steadman. Het drietal gaat vervolgens op zoek naar een vertrouwensfiguur binnen de overheid die hen wil helpen het bewijsmateriaal wereldkundig te maken. Ze leggen al hun vertrouwen in Cooper Green, een oude vriend van hun vader Aldo Burrows. Michael en Lincoln bedenken een plan om de man te ontmoeten zonder pottenkijkers, maar dat blijkt geen sinecure.

Sara Tancredi en Michael Scofield begeven zich naar de prestigieuze sigarenclub in Chicago. Hun komst werd duidelijk verwacht want voor ze de kans krijgen om de geheime kluis van Saras vader te openen, moeten ze op de vlucht slaan voor de ordediensten. Michael slaagt er nog net in een folder van de club mee te graaien mee en ontdekt zo dat ook Henri Pope – de ex-directeur van Fox Rover State - deel uitmaakt van de club. Sara en Michael zoeken Pope op in de hoop op zijn medewerking te kunnen rekenen, maar tussen Michael en Pope volgt een harde woordenwisseling.