Tijdens een geheime undercoveroperatie verdwijnt Anthony van de aardbol. Alhoewel Abby hem voorzien had van een GPS toestel, is zijn locatie niet meer traceerbaar. Het team vreest voor zijn leven én voor het mislukken van zijn opdracht.

Laura Rowen, de vrouw van een legerofficier, schiet uit zelfverdediging een indringer neer die op het punt stond om haar aan te randen. Als het NCIS team de zaak onderzoekt, ontdekken ze dat de vrouw een vreemd dubbelleven leidde. Heeft ze de indringer zelf gelokt?

Gibbs en zijn team krijgen een vreemde zaak toegewezen. Na een succesvolle operatie is een legerofficier toch nog overleden. Uit hun onderzoek blijkt dat de man op korte tijd heel wat vijanden maakte...

Ernie Yost, een bekroonde veteraan uit het Amerikaanse leger, meldt zich aan in het NCIS-hoofdkwartier. Hij bekent de moord op zijn beste vriend tijdens een veldslag in WOII. Het is nu aan het NCIS-team om dat uit te zoeken.

Na dreigementen door terroristen moet het NCIS team zorgen voor beveiliging. Terwijl ze proberen om de FBI agente Lina Reyes te overtuigen om hen te helpen, krijgen ze vermoedens over de dader. Maar er moeten nog meer geheimen ontsluierd worden...

NCIS ontdekt dat de maffia al een tijdje lichamen dumpt op hun territorium. Bij de slachtoffers blijkt ook een undercover agent van het FBI te zitten. Het team moet zo snel mogelijk achterhalen wie verantwoordelijk is voor de moord.

Het levenloze lichaam van een vrouw, gekleed in een Navy kostuum, wordt aangetroffen door twee zeilers. Ducky linkt de moord aan een onopgeloste zaak van tien jaar geleden. De seriemoordenaar belooft bovendien om nog terug te komen.

In het midden van een veld wordt een helicopter aangetroffen. Van de piloten is in de verste verte geen spoor meer te bekennen. Het NCIS team moet de verdwijning onderzoeken.

De gemummificeerde overblijfselen van een vrouw worden teruggevonden. Het team kan de identiteit van het slachtoffer achterhalen. De vrouw verdween maanden geleden en draagt nog steeds haar trouwjurk. De zoektocht naar de moordenaar brengt het team naar Florida.

Een vrouw en de negenjarige dochter van een marinier worden ontvoerd en de marinekapitein zelf wordt gegijzeld in zijn eigen kantoor. Camera's houden hem constant in het oog en bekijken elke stap dat hij zet. Het NCIS team onderzoekt de zaak en ontdekt dat er heel veel geld mee gemoeid is...