Een Iraakse zakenman wordt vermoord. Het OSP-team krijgt de opdracht om Walter Flynn, een voormalige marinier op te sporen. Flynn was door een privéfirma ingehuurd om het slachtoffer te beschermen. En toch wordt aangegeven dat hij achter de moord zou zitten.

Tijdens een oefenvlucht van een Predator loopt het helemaal mis. Het toestel, met twee raketten aan boord, wordt onderschept en verdwijnt spoorloos. Een marinier komt hierbij om het leven. Het team met Callen en Sam moet het toestel zien te vinden vooraleer het wapen kan gebruikt worden tegen de Verenigde Staten.

Twee mensen komen om het leven wanneer een drugdeal wordt verstoord door drie elitemariniers. Eén van de slachtoffers is een undercoveragent. Wanneer het NCIS de beelden van de beveiligingscamera’s bestudeert, herkent Sam zijn ex-collega. De jacht op de andere daders en op bewijsmateriaal is geopend. Sam gaat een confrontatie aan met zijn oude vriend, die echter weinig oplevert. Toch beseffen ze bij het NCIS dat er nog meer geheimen schuilgaan achter de hele operatie.

Het verhaal van NCIS: Los Angeles begint wanneer Gibbs en McGee (van NCIS) in Los Angeles het OSP-team proberen te helpen met het oprollen van een terroristische cel. Op het eind van de aflevering ’Legend’ zien we G. Callen (Chris O’Donnell) neergeschoten worden. En jawel, Callen overleeft de aanslag. NCIS: Los Angeles start op het moment dat Callen terugkeert naar het OSP na zijn revalidatie van vier maanden. De daders zijn nog niet gevat.