Het team moet babysitten op een negenjarige zoon van een vermiste man, die in verband kan gebracht worden met een oude, onopgeloste moord. Het onderzoek leidt hen naar de wildernis, waar ze een schokkende ontdekking doen over de man zijn verleden.

Het moordonderzoek van een admiraal van de marine krijgt een schokkende wending waneer de echtgenote, een politieke vluchteling, naar huis terugkeert om haar man te zoeken.

Gibbs zit in de knoop met zijn gevoelens wanneer hij een zaak moet onderzoeken die gelinkt is aan een vriend van zijn dochter, die een jaar geleden overleed. Het onderzoek leidt naar een schokkende ontknoping.

Het NCIS-team onderzoekt een mysterieus sterfgeval op een geheim onderzoeksschip in volle zee. Het team stoot op een verlaten schip dat een dodelijk geheim heeft dat ook het leven kan kosten aan de teamleden.

Het NCIS team moet een zelfmoordpoging voorkomen van een marine officier, die ermee dreigt om van een dak te springen. Wanneer de zelfmoord verandert in moord, moet het team uitzoeken wie verantwoordelijk is voor de moord.

Ducky komt tot de ontdekking dat één van de lijken die hij tijdens zijn sessies gebruikt om research op te verrichten eigenlijk het slachtoffer is van een moord. Het NCIS team identificeert het lijk als een crimineel genie dat het verleden kan uitwissen.

Luitenant Mann helpt Gibbs bij een moordonderzoek van een kapitein die toegang had tot uiterst geheime informatie. Het onderzoek wordt heel persoonlijk voor Gibbs wanneer één van de getuigen in de zaak zijn ex-vrouw is.

Tijdens een autopsie, doet Ducky een schokkende ontdekking waardoor het moordonderzoek op een officier evolueert naar een zoektocht naar een vermist kind. Intussen moet Tony afrekenen met zijn gevoelens voor Jeanne.

Het NCIS-team stuit op een belangrijk geheim wanneer ze dicht bij de explosieve en gewelddadige oplossing van de zaak rond La Grenouille zitten.

Jenny keert terug uit Europa met het nieuws dat het hele NCIS team verplicht wordt om een leugendetectortest van Binnenlandse Veiligheid. De diepste geheimen van elke agent zullen het daglicht zien en dat zorgt voor de nodige commotie. Daarboven komt nog dat Tony en Jeanne gegijzeld gehouden worden door een gewetenloze drugdealer.