Wanneer Jenny naar het buitenland moet voor een belangrijke conferentie, krijgt Gibbs de leiding over het team. Die houdt zich echter liever bezig met een moordonderzoek van een man, die dood is teruggevonden in een taxi die onderweg was naar het hoofdkwartier van NCIS.

Een blinde fotograaf heeft het lichaam van een politie-officier op film vastgelegd. Het NCIS-team maakt handig gebruik van zijn speciale gave en inzichten om deze misdaad op te lossen. Intussen hebben zowel Gibbs als Tony engagementsproblemen in hun relatie.

Shepard maakt een grote fout wanneer ze op haar eentje een man ontmoet die meer informatie zou vrijgeven over La Grenouille. Hun ontmoeting draait uit op de moord van de informant. Het NCIS team moet alle bestaande informatie verzamelen en hun vijand voorgoed uitschakelen.

McGee staat onder zware druk tijdens het onderzoek van een moordzaak van een officier, gebaseerd op het personage van zijn laatste boek.

Tijdens het weekend komt een telefoontje binnen op het anonieme NCIS nummer van een onbekende bron over een mogelijke terroristische activiteit. Twee agenten worden er op uit gestuurd en komen daarbij om het leven. Het NCIS team werkt in deze zaak samen met agent Paula Cassidy, die zich persoonlijk verantwoordelijk acht voor deze tragedie.

Een "dood"gevroren marinier ligt op de autopsietafel van Ducky en ontwaakt net op dat moment. Het NCIS team moet de bezigheden van het slachtoffer van de laatste dagen achterhalen om te ontdekken wat hem overkomen is en wie hem voor dood heeft achtergelaten. Naarmate het onderzoek vordert, komt het team meer te weten over zijn trip naar Bagdad met een privaat cargo vliegtuig en legt het een link met Gibbs' verleden.

Door een ontploffing in een militaire begraafplaats komt een crypte met verschillende lichaamsdelen bloot te liggen. Het NCIS team moet de families van de slachtoffers inlichten in de hoop een verband te vinden tussen de slachtoffers en bewijzen te vinden tegen een aantal verdachten van deze gruweldaad. Intussen rekent Abby af met een persoonlijk probleem en de enige die haar hier in kan steunen is Gibbs.

Wanneer een luitenant van de marine het slachtoffer wordt van giftige straling, moet het NCIS-team de persoon vinden die achter deze misdaad zit. De luitenant, die werkt voor het internationaal atoomagentschap, beweert dat enkel zijn twee collega's van de missie afwisten. De enige zekerheid is dat het de bedoeling was van de dader om het volgende onderzoek van de luitenant tegen te houden.

Het lichaam van een matroos wordt teruggevonden in een verlaten stadswijk, en al het bewijs lijkt aan te tonen aan dat het slachtoffer gestorven is aan een overdosis drugs. Maar verder onderzoek toont aan dat het toch om een moord zou gaan. Tijdens het onderzoek leert Tony een lokale inspecteur beter kennen.

Na de vangst van een internationale wapenhandelaar, ontdekt het team dat een geheim wapensysteem verkocht zal worden aan "La Grenouille", een belangrijke wapenhandelaar. Om de transactie tegen te houden, zendt het team Ducky undercover. Intussen blijkt dat andere agentschappen dezelfde zaak onderzoeken, maar met andere bedoelingen.