De samenwerkende troepen van NCIS: Los Angeles en van Hawaii Five-O trekken naar het vasteland om er een verdachte op te sporen die dreigt met het loslaten van een dodelijk virus.
Wanneer een voormalige soldaat verdacht wordt van een chemische bom te hebben gemaakt, werkt het NCIS: LA-team samen met de antiterrorisme-eenheid van de FBI en met psycholoog Nate Getz van de FBI.
Wanneer het lichaam van een Marine Inlichtingen Officer is gevonden, wijst alles naar een team van Navy SEALs, die op het punt staan te vertrekken voor een reddingsmissie, waardoor ex-Navy SEAL Sam Hanna de groep moet ondervragen en mogelijk de missie in gevaar brengt.
Het NCIS: LA-team onderzoekt een schietpartij net buiten het Vietnamese consulaat vlak voordat een internationale conferentie wordt gehouden die zal worden bijgewoond door de secretaris van de Marine.
Een internationale moordenaar is voorlopig altijd uit de klauwen kunnen blijven van de arm der wet, zelfs uit die van Callen. Het NCIS-team moet de moordenaar opsporen met de hete adem van assistent directeur Granger in de nek.
Een busje wordt overvallen. Callen en Sam vieren dat ze vijf jaar partners zijn maar moeten een zware beproeving ondergaan als ze undercover aan een zaak werken.
Als een voertuig dat Jada Khaled vervoert wordt aangevallen, moet de NCIS ingrijpen om haar en haar zaak te redden. Sam moet de confrontatie met Jada aangaan, de eerste sinds hij terug is van Sudan.